رادیوفردا در تحلیلی با اشاره به سوابق خاتمی به خصوص پس از انتخابات سال ۸۸ تلاش‌گاه و بیگاه وی برای کسب جایگاه درون نظام جمهوری ‌اسلامی را بی‌اثر دانسته و به وی توصیه کرده است مانند گذشته در کنار جنبش سبز (فتنه۸۸) باقی بماند. 

با این پرونده سنگین، خاتمی نباید توقع داشته باشد برای بازگشت به قدرت چراغ سبز نشانش دهند. 
 
بخش‌هایی از مواضع، اظهارات و‌ نامه‌های خاتمی در دوران فتنه را بازنشر داده و از جمله آورده است: خاتمی در اظهارنظری تند حتی تاکید کرد: اگر این فضای مسموم تبلیغاتی و امنیتی ادامه پیدا کند با توجه به آنچه انجام گرفت و یک‌طرفه اعلام شد باید بگوییم کودتای مخملین، علیه مردم و جمهوریت نظام صورت گرفته ‌است.... 
 
او در اظهارنظر مهم دیگری، برگزاری همه پرسی توسط نهادهای بی طرف را تنها راه برون رفت نظام از بحران ارزیابی کرده بود. 
 
افزون بر اینها، خاتمی در نقدی معنادار که یادآور ارزیابی مشهور آیت الله منتظری بود، گفته بود: مسائل غیرقانونی و غیرشرعی که در جریان بازداشت‌های اخیر و سپس در زمان نگهداری زندانیان رخ داده نه تنها جمهوریت نظام را خدشه دار کرده، بلکه اسلامیت نظام را هم مورد تردید قرار داده ‌است.» رئیس جمهور پیشین ایران همچنین در نامه‌ای سرگشاده که همراه با تعدادی از شخصیت‌های سیاسی خطاب به مراجع تقلید منتشر شد از «اشاعه بیدادگری در نظام جمهوری اسلامی» انتقاد، و به «برخوردهای خشونت‌بار و استفاده از شیوه‌های بازجویی» که به گفته او «یادآور دوران سیاه ستمشاهی است»، اعتراض کرده بود. 

خاتمی پس از انتخابات پرمسئله و ابهام ۱۳۸۸ مکرر به دیدار خانواده جان‌باختگان رویدادهای پس از انتخابات رفت؛ آن‌ها را «شهید» خواند و تاکید کرد: ایرانیان رشید هرگز از خواست‌های به حق خود دست بر نخواهند داشت. 
 
نظام مواضع و رفتارهای پیشین خاتمی را فراموش نکرده و او نباید انتظار بازگشت به حاکمیت را داشته باشد و بهتر است در جای واقعی خود یعنی کنار فتنه گران سبز بماند.